Les tirailleurs et travailleurs indochinois ou venant du Maghreb et d’Afrique subsaharienne répondent une nouvelle fois à l’appel de la métropole, alors que des étrangers présents en Bourgogne et en Franche-Comté avant le début des hostilités s’engagent volontairement dans l’armée française. En mai-juin 1940, les Nazis perpètrent plusieurs massacres (à Châtillon-sur-Seine en Côte-d’Or ou à Clamecy et Oisy dans la Nièvre) aux dépends des soldats coloniaux qui, après avoir été faits prisonniers, sont sommairement exécutés. Puis des rafles opérées dans les villes et villages de la région touchent des juifs étrangers et leurs familles, en particulier ceux originaires de Pologne. Des étrangers ou fils d’étrangers s’engagent avec courage et détermination dans la Résistance et rejoignent les maquis de la région. Appartenant aux Forces Françaises de l’Intérieur (FFI) ou à celles débarquées en Normandie, le 6 juin 1944, et en Provence, le 15 août 1944, de très nombreux combattants venus d’ailleurs contribuent, au péril de leur propre vie, à la libération de la Bourgogne et de la Franche-Comté. De ces sacrifices, trop vite oubliés dans l’allégresse de la victoire, témoignent par exemple les tombes musulmanes de plusieurs nécropoles de la région et tant de noms à consonance étrangère sur les monuments aux morts de nos villes et villages. À l’issue du conflit des prisonniers allemands sont par ailleurs internés dans des camps, puis participent aux débuts de la reconstruction et au relèvement de l’agriculture et de l’industrie régionales. Devenus travailleurs libres certains font le choix, souvent à la suite d’un mariage avec une Française, de demeurer durablement en Bourgogne et en Franche-Comté. Le déclenchement, en 1946, de la guerre d’Indochine ralentit enfin le retour de certains soldats et travailleurs coloniaux asiatiques, qui sont aussi occupés avec profit, durant plusieurs années, dans les usines de la région.
Stéphane Kronenberger